W roku 2021 KOWR sprawował nadzór właścicielski nad działalnością 38 spółek hodowli roślin i zwierząt o szczególnym znaczeniu dla gospodarki narodowej. Minister Rolnictwa i Rozwoju Wsi, zgodnie z przepisami rozporządzenia z dnia 5 stycznia 2022 r., wykreślił 7 spółek nadzorowanych przez KOWR z wykazu jednoosobowych spółek hodowli roślin uprawnych i hodowli zwierząt gospodarskich o szczególnym znaczeniu dla gospodarki narodowej. Na podstawie porozumienia z dnia 29 marca 2022 r. KOWR przekazał do Ministerstwa Aktywów Państwowych następujące spółki: „DANKO” Hodowla Roślin sp. z o.o., Poznańska Hodowla Roślin sp. z o.o., Małopolska Hodowla Roślin sp. z o.o., Kutnowska Hodowla Buraka Cukrowego sp. z o.o., Pomorsko Mazurska Hodowla Ziemniaka sp. z o.o., Hodowla Zwierząt i Nasiennictwo Roślin Polanowice sp. z o.o. oraz Kombinat Rolny Kietrz sp. z o.o.

Obecnie Krajowy Ośrodek Wsparcia Rolnictwa sprawuje nadzór nad 31 spółkami o szczególnym znaczeniu dla gospodarki narodowej, które zostały wyszczególnione w Rozporządzeniu Ministra Rolnictwa i Rozwoju Wsi z dnia 5 stycznia 2022 r. Ze względu na wiodący kierunek prowadzonych prac hodowlanych można wydzielić 3 grupy spółek: spółki hodowli zwierząt gospodarskich (bydło, świnie i owce) – 17 spółek, spółki hodowli koni i stada ogierów – 13 spółek oraz jedna spółka hodowli roślin.

Spółki odgrywają wiodącą rolę w kreowaniu i upowszechnianiu postępu biologicznego w polskim rolnictwie, który jest obecnie uważany za najważniejszy czynnik oddziałujący na wzrost efektywności rolniczej, zarówno z punktu widzenia wzrostu ilości, jak i jakości produktów rolnych. Spółki KOWR dysponują cennym materiałem genetycznym roślin i zwierząt gospodarskich. Posiadanie tych zasobów stwarza warunki dla stabilizacji cen nośników postępu na rynku krajowym oraz zabezpiecza potrzeby polskiego rolnictwa w przypadku wystąpienia niekorzystnych zjawisk w skali międzynarodowej.

Jedną spośród tzw. spółek strategicznych nadzorowanych przez Krajowy Ośrodek Wsparcia Rolnictwa jest „PlantiCo Hodowla i Nasiennictwo Ogrodnicze Zielonki” Sp. z o.o. W 2020 roku KOWR podjął decyzję o konsolidacji wszystkich spółek branży hodowli i nasiennictwa roślin ogrodniczych nadzorowanych przez KOWR, mając na celu przede wszystkim połączenie prowadzonych programów hodowlanych oraz wzmocnienie konkurencyjności spółek na bardzo trudnym rynku nasion roślin ogrodniczych. Od kwietnia 2020 roku Spółka tworzy polską firmę hodowlano-nasienną z wieloletnią tradycją, która oferuje do sprzedaży najwyższej jakości nasiona roślin ogrodniczych w trzech uznanych markach: PlantiCo, Polan i Spójnia. W lutym 2021r. do Spółki PlantiCo została włączona również spółka KZD Nowy Dwór sp. z o.o., co pozwoliło na rozszerzenie działalności Spółki o produkcję roślin ozdobnych dostępnych w centrach ogrodniczych Spółki. Głównym celem działalności Spółki PlantiCo pozostaje nadal prowadzenie hodowli twórczej i zachowawczej warzyw, kwiatów i roślin ozdobnych. To w niej dzięki pracy hodowców i wieloletnim badaniom powstają nowe, wydajne odmiany pomidorów, ogórków, fasoli czy kapusty, które później trafiają do plantatorów warzyw, właścicieli gospodarstw szklarniowych czy działkowców. Własnością spółki jest ponad 330 odmian roślin warzywnych co stanowi ponad 50 proc. odmian tych roślin z krajowej hodowli wpisanych do Rejestru Odmian. Wyhodowane w PlantiCo nasiona charakteryzują się wysokim plonowaniem, dobrą jakością, odpornością na choroby i dostosowaniem do naszych warunków klimatyczno-glebowych. W lutym 2021r. do Spółki PlantiCo została włączona również spółka KZD Nowy Dwór sp. z o.o., co pozwoliło na rozszerzenie działalności Spółki o produkcję roślin ozdobnych dostępnych w centrach ogrodniczych Spółki.

Podstawowym celem pracy hodowlanej prowadzonej w nadzorowanych przez KOWR spółkach zajmujących się hodowlą zwierząt jest produkcja materiału zarodowego dla doskonalenia populacji masowej zwierząt gospodarskich. Doskonalenie ras zwierząt gospodarskich prowadzone jest zgodnie z wewnętrznymi programami hodowli opracowanymi w oparciu o krajowe programy doskonalenia ras: bydła, trzody chlewnej, owiec oraz koni. Rola i znaczenie spółek w realizacji tych programów, ze względu na wysoki potencjał genetyczny utrzymywanych zwierząt, jest bardzo duża. Do podstawowych celów działalności spółek zalicza się ochronę zasobów genetycznych, wdrażanie nowych technologii oraz zaopatrywanie hodowli krajowej w najwyższej jakości materiał hodowlany. Hodowlę bydła mlecznego prowadzi łącznie 29 spółek, hodowla świń prowadzona jest w 3 spółkach, natomiast hodowla owiec i produkcja owczarska prowadzona jest w 4 spółkach nadzorowanych przez Krajowy Ośrodek Wsparcia Rolnictwa.

W oborach Krajowego Ośrodka Wsparcia Rolnictwa hodowanych jest pięć ras bydła użytkowanego w kierunku mlecznym: polska holsztyńsko-fryzyjska (PHF) w dwóch odmianach (HO – czarno biała i RW – czerwono biała), polska czerwono-biała (ZR), jersey (JE), polska czerwona (RP) oraz simental (SM). Łącznie w spółkach KOWR utrzymywane jest ponad 48 tys. sztuk bydła mlecznego, w tym 21,2 tys. krów mlecznych. Najbardziej liczna w naszych Spółkach jest rasa PHF. Krowy ze spółek KOWR stanowią jedynie ponad 2,5% krów będących pod kontrolą użytkowości w kraju, jednak od tej stosunkowo małej populacji pochodzi jednak prawie połowa postępu hodowlanego bydła mlecznego w Polsce. Średnia wydajność mleka od krowy w stadach KOWR na koniec 2022 roku wyniosła 11 604 kg. Krowy w spółkach KOWR osiągają ciągły wzrost wydajności mleka a także zdobywają czołowe lokaty na krajowych i regionalnych wystawach hodowlanych. Stada zarodowe KOWR reprezentują bardzo wysoki poziom genetyczny, dlatego też do jego utrzymania korzystają z zasobów genetyki światowej, używając do kojarzeń nasienie wybitnych buhajów krajowych i zagranicznych.

Podstawowym założeniem programu doskonalenia ras świń w chlewniach spółek jest dostarczanie hodowli terenowej najlepszego materiału reprodukcyjnego. Między innymi prowadzony jest program hybrydyzacji umożliwiający hodowcom zakup mieszańców, knurków i loszek w odpowiednich zestawach genotypowych. Na koniec 2022 r. hodowla świń prowadzona była w 3 spółkach, w których znajdowało się 389 loch objętych oceną. W stadach spółek hodowane są rasy świń wykorzystywane w programie doskonalenia: wielka biała polska (wbp), polska biała zwisłoucha (pbz) oraz duroc.

Hodowla owiec i produkcja owczarska prowadzona jest w 4 spółkach nadzorowanych przez KOWR. W 2022 roku średnia liczba matek wyniosła 743 szt. Na koniec 2022 r. liczba matek, które co najmniej raz się wykociły, wyniosła 767 szt. W spółkach hodowane są następujące rasy owiec: merynos polski, merynos polski w starym typie, berrichon du cher oraz suffolk.

Wśród 31 spółek o szczególnym znaczeniu dla gospodarki narodowej jest 13 jednostek samodzielnie prowadzących hodowlę koni (Stadniny Koni i Stada Ogierów) oraz 3 jednostki wchodzące organizacyjnie w struktury innych spółek. Spółki te hodują osiem ras koni. Hodowla koni w stadninach KOWR prowadzona jest w celu doskonalenia najcenniejszego materiału genetycznego dla potrzeb krajowej hodowli oraz zachowania rodzimych ras. Działalność ta obejmuje również szeroko pojęte usługi w zakresie rozrodu koni dla hodowli terenowej, co jest związane z funkcjonowaniem, organizacją oraz zadaniami Stad Ogierów. Konie użytkowane są w czterech dyscyplinach jeździeckich: ujeżdżeniu, skokach przez przeszkody, WKKW oraz powożeniu zaprzęgami jedno i wielokonnymi. Spółki będące pod nadzorem Krajowego Ośrodka Wsparcia Rolnictwa utrzymywały na dzień 01.01.2023 r. łącznie około 2340 koni, w tym 791 klaczy elitarnych i 223 ogiery hodowlane.