Ojciec Święty Franciszek był trzecim po Janie Pawle II i Benedykcie XVI papieżem, który modlił się w Bazylice Miłosierdzia Bożego w Łagiewnikach. Jako pierwszy jednak udzielił tam sakramentu pokuty. Do niezwykłej spowiedzi u papieża przystąpiło pięciu osobom. Wśród nich znaleźli się wolontariusze, którzy od kilku miesięcy pracowali w Komitecie Organizacyjnym Światowych Dni Młodzieży.

Po zakończeniu spowiedzi Ojciec Święty od wszystkich pielgrzymów i kapłanów spowiadających w sanktuarium otrzymał w prezencie otrzymał obraz Jezusa Miłosiernego.

Kolejnym punktem sobotniego programu była Msza Święta w Sanktuarium św. Jana Pawła II z kapłanami, osobami konsekrowanymi i seminarzystami z Polski. W homilii Ojciec Święty zwrócił się do zebranych: Jezus wymaga, by wyruszyć w drogę bez obciążeń, wyjść rezygnując ze swoich zabezpieczeń, mocni jedynie w Nim. Ten, kto postanowił upodobnić całe swoje życie do Jezusa, nie wybiera już swoich własnych miejsc, ale idzie tam, gdzie został posłany.

O godz. 13:00 Ojciec Święty zje obiad z Kardynałem Arcybiskupem Krakowskim, z tłumaczem i 12 przedstawicielami młodzieży z różnych krajów: jednym chłopcem i jedną dziewczyną z każdego kontynentu. Wśród tych, którzy zasiądą z papieżem przy jednym stole nie zabraknie również Polaków.

Z kolei o godz. 19:00 papież przyjedzie na Campus Misericordiae, gdzie wraz z pięcioma przedstawicielami młodzieży przejdzie przez Bramę Świętą. O godz. 19:30 rozpocznie się modlitewne czuwanie Ojca Świętego z młodymi.