Na zbiory przyrodnicze składają się okazy z następujących kategorii: ornitologia (ptaki, gniazda), oologia (jaja), zoologia (ssaki, gady, ryby), paleontologia (skamieniałości), entomologia (owady), botanika (karty zielnikowe). Dynamiczny rozwój kolekcji datuje się na rok 1977 mówi Marek Słupek, kierownik działu przyrody:

Do unikalnych w skali kraju kolekcji należy jeden z największych w Polsce zbiór jaj ptasich Leopolda Pac-Pomarnackiego wyjaśnia kierownik działu:

W zbiorach zoologicznych znajdują się 174 eksponaty mówi Marek Słupek:

Całkiem pokaźny jest zbiór entomologiczny Działu Przyrody, na który składają się kolekcje owadów krajowych pochodzących z terenu Radomia oznajmia kierownik działu:

W kolekcji paleontologicznej znajdują się m.in. ciosy i zęby mamuta znalezione podczas budowy Fabryki Broni w Radomiu w 1923 roku wyjaśnia Marek Słupek:

Przypomnijmy, że w Muzeum im. Jacka Malczewskiego pojawi się więcej zieleni, a to za sprawą miniogrodu botanicznego, który powstanie na dziedzińcu muzeum. Projekt ten spotkał się z największym zainteresowaniem mieszkańców województwa mazowieckiego i wygrał w Budżecie Obywatelskim Mazowsza. Umowa na wykonanie miniogrodu została podpisana.