W 1655 roku Szwedzi zajęli niemal całą Koronę. Kolejne próby zahamowania Potopu kończyły się porażką, a wyczekiwane zwycięstwo w otwartym polu nie nadchodziło. Nadzieja pojawiła się dopiero, gdy król Jan Kazimierz wrócił do kraju, a Stefan Czarniecki przyprowadził mu nowe chorągwie.

Wczesnym rankiem 7 kwietnia 1656 roku, po całonocnej przeprawie przez Pilicę, wycofujące się z okolic Janowca w stronę Warszawy wojska Fryderyka margrabiego von Baden-Durlach podzieliły się na dwie grupy, z których jedna zajmowała się niszczeniem mostu i obserwowaniem zbliżających się do rzeki Polaków, a druga ruszyła w stronę Czerska. Pochód opóźniały jadące wolno ciężkie wozy, wyładowane łupami należącymi do komendanta Radomia Rittera. Szwedzi czuli się bezpiecznie, sądząc że goniące ich oddziały polskie pod dowództwem Stefana Czarnieckiego nie będą w stanie się przeprawić przez głęboką i szeroko rozlaną po wiosennych roztopach rzekę.

Kilka kilometrów w górę rzeki od zniszczonego mostu Czarniecki znalazł jednak bród nadający się do przeprawy, po czym, dając przykład innym, ruszył jako pierwszy; za nim w ciągu godziny dostało się na drugi brzeg trzy tysiące jeźdźców. Po przeprawieniu się przez rzekę dwa pułki jazdy ruszyły w stronę Chynowa, żeby odciąć Szwedom możliwość odwrotu, reszta chorągwi została podzielona na dwie części: grupa dowodzona przez Czarnieckiego skręciła w stronę miasteczka, żeby rozprawić się z pozostawionymi w Warce dragonami szwedzkimi, natomiast chorągiew pod dowództwem Jerzego Lubomirskiego rozpoczęła pogoń za wojskiem margrabiego, dopędzając szwedzką straż tylną i rozbijając regiment Rittera (dowódca szwedzki zginął).

Fryderyk Badeński zdał sobie sprawę, że bitwa jest nieunikniona, zatrzymał wojska na skraju lasu, gdzie uformował linię obronną w oparciu o całą rajtarię i połowę spieszonej dragonii (piechoty szwedzkiej). W głębi lasu ukryło się dodatkowo 600 dragonów, którzy mieli za zadanie ogniem z muszkietów powstrzymać atak Polaków. W tej sytuacji oddziały polskie nie były w stanie wykonać manewru okrążenia Szwedów, ani ataku od strony Chynowa na tyły nieprzyjaciela.

Husaria Lubomirskiego runęła na nieprzyjaciela, ale nie zdołała rozerwać szyków zwartych szeregów rajtarii. Mający w tej fazie bitwy przewagę liczebną Szwedzi ruszyli do przeciwuderzenia. Zostało ono powstrzymane przez posiłki w postaci dragonii Krzysztofa Wąsowicza oraz lekkiej jazdy i husarii Jana Sobiepana Zamoyskiego, którym udało się przeprawić przez Pilicę i wkroczyć do akcji. Polacy dokonali decydującego uderzenia po tym, jak do bitwy dołączyły chorągwie Czarnieckiego.

Rajtarzy zaczęli uciekać w stronę lasu, powodując zamęt wśród ukrytych tam dragonów. Grupa 400 Szwedów próbowała się skryć w głębokim lesie, ale okoliczni chłopi podpalili trawę i krzewy by zmusić ich do wyjścia na otwarte pole, gdzie doszło do krwawej bitwy, która zakończyła się wycięciem całego oddziału szwedzkiego.

Innej uciekającej grupie przecięły drogę dwa pułki dowodzone przez Andrzeja Potockiego i Jakuba Potockiego, które zostały wysłane na początku bitwy pod Chynów. Margrabia wraz z 700 ludźmi zdołał uciec do Czerska, żeby stamtąd później przebić się do Warszawy. Szwedzi stracili w bitwie i podczas ucieczki ponad 1500 żołnierzy, 260 dostało się do niewoli, po stronie polskiej było około 100 zabitych i 100 rannych żołnierzy.

Bitwa pod Warką nie przesądziła o losach wojny, oddziały Czarnieckiego nie były jeszcze w stanie wkroczyć do Warszawy, a królowi szwedzkiemu Karolowi Gustawowi udało się uciec z osaczenia w widłach Wisły i Sanu. Znaczenie tego zwycięstwa bardzo trafnie ujął po latach w swoich Pamiętnikach Jan Chryzostom Pasek: "Czwarta nader szczęśliwa pod Warką wiktoryja, kiedyśmy z Czarnieckim samego wyboru szwedzkiego kilka tysięcy trupem położyli i rzekę Pilicę krwią i trupami szwedzkimi napełnili. Od tego czasu już nutare coepit [chwiać się poczęła] potęga szwedzka i znacznie słabieć."