Michał Kędzierski swoją karierę rozpoczynał w Asseco Resovii Rzeszów, ale w rozgrywkach PlusLigi zadebiutował w barwach Cerrad Czarnych. W Radomiu siatkarz spędził dwa sezony (2013/2014 – 2014/2015), a następnie został wypożyczony do Effectora Kielce (sezon 2015/2016), gdzie był podstawowym rozgrywającym.

Po rocznym pobycie w drużynie z Kielce, Michał Kędzierski w sezonie 2016/2017 wrócił do Radomia, gdzie sztab trenerski powierzył mu miano pierwszego rozgrywającego zespołu. Wojskowi w tym sezonie zajęli 7. miejsce w PlusLidze, a Michał Kędzierski po udanych rozgrywkach przeniósł się do swojego macierzystego klubu – Asseco Resovii Rzeszów.

25-letni rozgrywający w Rzeszowie spędził zaledwie rok, a następnie obrał zagraniczny kierunek. Sezon 2018/2019 spędził we włoskiej drużynie Argos Volley Sora, z którą sięgnął po 9.miejsce w rozgrywkach Serie A.