W maju 1961 roku dr Włodzimierz Witold Nowakowski rozpoczął pracę na Oddziale Położniczo-Ginekologicznym Szpitala Powiatowego w Drzewicy. W 1964 roku porodówkę przeniesiono do Opoczna, w latach 1976-2000 był ordynatorem Oddziału Położniczo-Ginekologicznego w Opocznie. W czasie jego ordynatury pracowali i specjalizowali się lekarze: Henryk Dybalski, Władysław Czyżewski, Maciej Skoczylas, Dariusz Obin, Marek Tichek, Jerzy Nowakowski, Ewa Juszczyk, Agata Kaczorowska i Mateusz Ciecierski.

W czasie swojej praktyki odebrał ok. 60 tysięcy porodów.

Za swoją pracę zawodową został odznaczony, między innymi Krzyżem Kawalerskim Orderu Odrodzenia Polski.