W komunikacie rzeczniczki Ministerstwa Nauki i Szkolnictwa Wyższego Katarzyny Zawady czytamy, że jeżeli "według rektora Zbigniewa Łukasika, krytyczna ocena działalności większości wydziałów uczelni przez Komitet Ewaluacji Jednostek Naukowych to wyraz „przekrętu", powinien on niezwłocznie przedstawić dowody na nieprawidłowości i przedłożyć je odpowiednim organom". Ministwrstwo "zwróciło się jednocześnie do Pana Rektora o natychmiastowe złożenie wyjaśnień, na jakiej podstawie formułuje powyższą opinię".

Rzeczniczka dodaje, że "kompleksową ocenę przeprowadzało ponad 180 niezależnych ewaluatorów oraz Komitet Ewaluacji Jednostek Naukowych. Ocenę przeprowadzono na podstawie informacji zawartych w złożonych przez wydziały Uniwersytetu ankietach, których prawdziwość dodatkowo potwierdzał kierownik każdej jednostki, oświadczając, że wszystkie informacje zawarte w ankiecie złożonej w systemie teleinformatycznym oraz dołączonych do niej skanach dokumentów są zgodne ze stanem faktycznym i dokumentacją dostępną w jednostce".

A zatem, zdaniem ministerstwa twierdzenie, że „zła ocena to nieporozumienie albo przekręt" jest naruszeniem dobrego imienia zarówno ewaluatorów, jak również Komitetu Ewaluacji Jednostek Naukowych" - czytamy.

"Odnosząc się do innej ważnej kwestii poruszanej przez Pana Rektora zawierającej twierdzenie, że „ministerstwo nauki wydawało zarządzenia działające wstecz", pragnę wyjaśnić, czytamy w komunikacie, że Ministerstwo Nauki i Szkolnictwa Wyższego nie uznaje tej opinii za zasadną, ponieważ przyjęte kryteria oceny działalności naukowej znane są i stosowane w środowiskach nauki od dawna. Ministerstwo podjęło jedynie wysiłek sparametryzowania tych ocen, aby stały się one bardziej obiektywne" - pisze Katarzyna Zawada i przypomina, że bardzo podobny system, oparty na ocenie niemal takich samych, wybranych wyników badań naukowych i prac rozwojowych, został przyjęty przez Ministerstwo w poprzedniej kategoryzacji i stosowany był od roku 2012.

- Jeżeli według rektora prof. Zbigniewa Łukasika krytyczna ocena działalności większości wydziałów uczelni przez Komitet Ewaluacji Jednostek Naukowych to wyraz „przekrętu", powinien niezwłocznie przedstawić dowody na nieprawidłowości i przedłożyć je odpowiednim organom" dodaje rzeczniczka.